在《忍者神龟第三季》中，故事氛围陡然变得紧张而激烈，一场关乎生死存亡的终极考验正等待着四位忍者神龟。他们的精神导师斯普林特大师不幸身陷囹圄，而团队的核心领袖莱昂纳多更是身中剧毒，生命垂危。与此同时，多纳泰罗与来自异次元的武士朋友宇佐见，正为了保护大名及其领土，与蜂拥而至的刺客军团展开殊死搏斗。整个团队陷入了前所未有的分…